Второе поколение Suzuki GSX-R400 (заводской код GK71F) выпускалось с 1986 по 1987 год. Модель была полностью переработана: новая рама, укороченная колёсная база, изменённый дизайн. Главной особенностью стала уникальная трёхходовая система охлаждения SATCS (Suzuki Advanced Three-way Cooling System), сочетавшая жидкостное охлаждение головки цилиндров, воздушное охлаждение блока цилиндров (рёбра) и масляное охлаждение поршней.
Двигатель получил новые размеры цилиндров: диаметр увеличился до 56,0 мм, ход поршня уменьшился до 40,4 мм (рабочий объём 398 см³). Степень сжатия - 11,5:1. Мощность осталась на уровне 59 л.с., но пик сместился к 12000 об/мин. Крутящий момент - 37 Нм при 10500 об/мин.
В 1986 году модель получила прямоугольную фару, которая не пользовалась популярностью, поэтому в 1987 году Suzuki вернула двойные круглые фары. Колёса стали 17-дюймовыми. В 1987 году появилась трековая модификация SP (Sports Production) с укороченной КПП, регулируемой подвеской и задним амортизатором с выносным резервуаром.