В феврале 1989 года Suzuki представила кардинально обновлённую версию GSX-R250R (код шасси GJ73A). Главным новшеством стала алюминиевая рама ALBOX, которая заменила стальную коробчатую конструкцию базовой модели. Это значительно снизило вес и повысило жёсткость шасси.
Двигатель получил четыре карбюратора Mikuni 32 мм (вместо двух на базовой версии), что улучшило наполнение цилиндров на высоких оборотах. Мощность осталась на уровне 45 л.с., но пик сместился к 15 000 об/мин, а крутящий момент вырос до 25.5 Нм. Заднее колесо увеличилось до 18 дюймов (140/60R18), переднее осталось 17-дюймовым (110/70R17). Тормозная система была усилена: спереди устанавливались 290-мм диски с 4-поршневыми суппортами. Диаметр передней вилки увеличился до 41 мм. Колёсная база выросла до 1380 мм, высота по седлу снизилась до 730 мм.