Suzuki DR-Z400E - хард-эндуро версия, созданная для серьёзных внедорожных приключений. В отличие от версии S, двигатель имеет повышенную степень сжатия 12.2:1, оснащается более производительным карбюратором Keihin FCR39 с плоским дросселем, что позволяет снять 48 л.с. при 9000 об/мин и 41 Нм при 7500 об/мин. Система смазки - мокрый картер (в отличие от сухого на S).
Мотоцикл легче версии S: сухой вес 119 кг (против 132 кг). Колёса 21 и 18 дюймов, шины 80/100-21 спереди и 110/100-18 сзади. Высота по седлу - 935 мм, дорожный просвет - 325 мм. Колёсная база - 1475 мм. Габариты: 2310 x 825 x 1235 мм.
Выпускалась с 2000 по 2009 год, затем производство было приостановлено. В 2015 году Suzuki возобновила выпуск версии E для рынков Австралии и Северной Америки. Окончательно снята с производства в 2022 году.