1998 год стал переломным для KTM 300. Модель получила полностью новую раму оранжевого цвета и фирменную заднюю подвеску PDS (Progressive Damping System) без маятниковой связи с ходом 320 мм. С 1999 года мотоцикл оснащается гидравлическим сцеплением. В 2000 году двигатель получил новый цилиндр с улучшенной конструкцией.
В этот период также выпускалась версия 380 см³ (1998-2000). Модель получила обозначение EXC (Enduro Cross Competition) и стала одной из самых продаваемых в линейке KTM.