Финальное поколение ZX-9R (ZX900F) выпускалось в 2002-2003 годах. Модель получила усиленный маятник с верхней распоркой (на 20% жёстче), усиленную раму с жёсткими алюминиевыми креплениями двигателя, новые 4-поршневые суппорты Nissin с дисками 320 мм спереди. Внешне отличалась новым хвостовым обвесом, цельным передним крылом и отсутствием пассажирских поручней.
Двигатель получил утяжелённый на 10% коленвал в паре с облегчённым маховиком для улучшения низовых и средних характеристик. Карбюраторы вернулись к типу Keihin CVKD40 (как на B и C поколениях). Мощность осталась на уровне 144 л.с. при 11000 об/мин. Снаряжённый вес вырос до 212 кг.
Модификации: F1 (2002), F2 (2003). В 2004 году ZX-9R был заменён на ZX-10R.