В 1998 году Kawasaki представила полностью переработанное второе поколение ZX-9R (ZX900C). Модель получила новый двигатель с увеличенным до 75 мм диаметром цилиндра и уменьшенным до 50.9 мм ходом поршня. Новый мотор развивал 143 л.с. при 11000 об/мин и 101 Нм крутящего момента. В приводе клапанов вместо рокеров использовались толкатели, что позволило сузить угол клапанов и улучшить продувку цилиндров.
Рама была полностью переработана: теперь двигатель использовался как несущий элемент, что позволило отказаться от стальных подрамников и снизить сухой вес на 32 кг - до 183 кг. Колёсная база сократилась с 1440 до 1415 мм. Передняя подвеска - 46-мм телескопическая вилка KYB (вместо перевёрнутой), задняя - Uni-Trak с piggyback амортизатором. Тормоза - два диска 296 мм с 6-поршневыми суппортами Tokico.
Модификации: C1 (1998), C2 (1999).