В 2000 году Kawasaki представила обновлённое поколение ZX-9R (ZX900E). Главным внешним изменением стали двойные фары и отдельный воздухозаборник между ними, заменившие единую фару с интегрированным воздухозаборником предыдущей версии. Двигатель получил увеличенную до 12.2:1 степень сжатия, новые карбюраторы Keihin CVRD40 и увеличенные до 35 мм выпускные трубы (было 31.8 мм). Мощность выросла до 144 л.с. при 11000 об/мин.
Рама была усилена за счёт увеличенных болтов крепления двигателя, а резиновые втулки верхнего заднего крепления заменены на алюминиевые. Увеличен диаметр оси маятника и колёсных осей. Изменён вылет траверс для уменьшения следа и улучшения поворачиваемости. Задняя шина увеличена до 190/50 ZR17. Появилась регулировка высоты задней подвески.
Модификации: E1 (2000), E2 (2001).