KX500E - пятое и самое продолжительное поколение, выпускавшееся с 1989 по 2004 год. В 1990 году мотоцикл получил перевёрнутую (upside-down) телескопическую вилку диаметром 41 мм с ходом 310 мм, что значительно улучшило жёсткость передней части и управляемость.
В 1992 году были изменены система зажигания и коленвал для адаптации мотоцикла к внедорожным гонкам, включая возможность установки освещения для участия в марафонах по пустыне. Степень сжатия - 6.8:1 на высоких оборотах и 7.7:1 на низких (благодаря системе KIPS). Мощность - 63.5 л.с. при 7000 об/мин.
С 1993 года, после закрытия класса 500 National MX, модель выпускалась без серьёзных изменений. Производство завершилось в 2004 году, уступив место четырёхтактному KX450F.