В 1996 году Honda кардинально переработала CR80R. Главное изменение - передняя подвеска получила перевёрнутую (USD) вилку Showa диаметром 37 мм с полным набором регулировок (сжатие и отбой). Рама была усилена, появился съёмный подрамник. Сзади - полностью регулируемый амортизатор Pro-Link. Модель получила версию Expert (CR80RB / CR80R2) с увеличенными колёсами (19" переднее, 16" заднее), увеличенной колёсной базой и более высокой посадкой.
С 1996 по 2000 год рабочий объём двигателя составлял 79,4 куб. см (HE04). В 1999-м рама была дополнительно усилена (увеличены трубы на 20%), а вилка получила жидкостное хонингование для снижения трения. В 2001 году объём увеличили до 82,9 куб. см (47,0 x 47,8 мм), максимальная мощность достигла 25,7 л. с. (18,9 кВт) при 12 500 об/мин, крутящий момент - 14,7 Н·м при 11 000 об/мин. 28-мм карбюратор Keihin PWK обеспечивал отличную отдачу. Мотоцикл выпускался до 2002 года включительно, после чего был заменён моделью CR85R (2003–2007).