Четвертое поколение CBR900RR вышло в 1998 году и стало ответом на появление Yamaha YZF-R1. Honda переработала 80% внутренних деталей двигателя: новые поршни, алюмокомпозитные гильзы цилиндров, уменьшенный пакет сцепления, измененные передаточные числа КПП. Мощность выросла до 130 л.с.
Рама получила увеличенную жесткость, вынос траверсы уменьшен на 5 мм. Передние тормозные диски увеличены до 310 мм с новыми суппортами. Появилась новая приборная панель с ЖК-тахометром и спидометром. Сухой вес снизился до 180 кг.