Третье поколение CBR900RR, представленное в 1996 году, получило серьезные изменения. Диаметр цилиндра увеличили с 70 до 71 мм, что дало рабочий объем 919 см³. Мощность выросла до 128 л.с. при 10500 об/мин. Рама и маятник были изготовлены из более крупных тонкостенных профилей для увеличения торсионной жесткости.
Эргономика была улучшена: руль поднят на 10 мм и отклонен назад на 5 градусов, седло стало выше. Появился датчик положения дроссельной заслонки, увеличенный глушитель и меньший по размеру генератор. Сухой вес снизился до 183 кг.