Второе поколение CBR900RR вышло в 1994 году и получило значительные обновления. Главным визуальным изменением стала новая оптика - характерные "лисьи глаза" (foxeye), которые стали отличительной чертой модели. Передняя вилка получила регулировку сжатия, верхнее крепление обтекателя стало алюминиевым вместо стального, а крышка головки цилиндров - магниевой.
Мощность двигателя была незначительно увеличена до 124 л.с. благодаря улучшенному барабану переключения передач. Педали были изменены по образцу RC45, а спидометр стал электронным с датчиком на выходном валу КПП вместо привода от переднего колеса.