В 2006 году CBR1000RR получила эволюционное обновление. Двигатель доработали: новые поршни, увеличенная степень сжатия до 12.3:1, увеличенный подъём впускных клапанов (до 9.1 мм), увеличенная красная зона до 12200 об/мин. Мощность выросла до 174 л.с.
Передние тормозные диски увеличились с 310 до 320 мм при уменьшении толщины с 5 до 4.5 мм, что улучшило торможение и снизило неподрессоренную массу. Задний тормозной диск также вырос до 220 мм. Была изменена геометрия задней подвески, установлен новый более лёгкий маятник и обновлён дизайн передней части обтекателя.