Параллельно с гоночной версией R Yamaha выпускала трейловый вариант X. Модель разрабатывалась на основе гоночной YFZ450R, но получила укороченную колёсную базу для более уверенного маневрирования в тесных условиях и на неровной, каменистой местности. Для удобства разных райдеров руль ProTaper регулировался в четырёх положениях, а полностью настраиваемая двухступенчатая подвеска KYB сочеталась с приборной панелью на светодиодах, показывающей уровень топлива, температуру охлаждающей жидкости и включённую нейтральную передачу.
В остальном силовой агрегат и трансмиссия версии X повторяли инжекторный двигатель модификации R.