YD-2 стал эволюционным развитием первой модели серии. Главное новшество - появление электростартера, впервые применённого на мотоциклах Yamaha. Это сделало машину значительно удобнее в повседневной эксплуатации по сравнению с предшественником, запускавшимся только кик-стартером.
Рабочий объём двухтактного двухцилиндрового двигателя увеличился до 249 см³, мощность составила 14,5 л.с. при 6000 об/мин. Коробка передач - трёхступенчатая, что было шагом назад в спортивности, но повышало надёжность и упрощало управление для рядового пользователя. Снаряжённая масса снизилась до 138 кг.
Внешне модель сохранила узнаваемый силуэт с характерным баком, но получила ряд доработок в ходовой части и электрооборудовании. Производство продолжалось до 1961 года, когда на смену пришёл YD-3.