С 1998 года на смену стандартной модели и версии S пришла модификация XV535DX. Эта версия заменила и стандартную, и модель S, получив хромированные крышки двигателя и боковую подставку схожей спецификации, а также новое сиденье. Это была последняя версия линейки XV535 Virago, выпуск которой был прекращён в 2004 году.
Технически двигатель и ходовая часть остались аналогичны предыдущим модификациям - изменения касались в первую очередь внешней отделки и хромированных элементов.
Yamaha XV535DX 1998-2003 годов - финальная модификация модели, объединившая в себе элементы отделки прежних версий. Хромированные крышки двигателя, обновлённая боковая подставка и новое сиденье выделяют эту версию круизера среди более ранних выпусков.
XV535S 1994-1997
Появилась хромированная версия S: больше хромированных деталей, мягкое сиденье с застрочкой и двухцветная окраска; с 1996 года добавлены новая подставка и опциональная спинка пассажира.
XV535 1989-1993
Первая крупная модернизация: вместо декоративного бака установлен полноценный верхний бак объёмом 13,5 л, что увеличило запас хода; изменена конструкция топливного клапана.
XV535 1987-1988
Первая версия модели с топливным баком под сиденьем объёмом 8,6 л; верхний "бак" перед водителем был декоративным и вмещал только электрооборудование.
