В 2015 году Yamaha провела последний рестайлинг модели, изменив название на XJR1300C. Дизайн стал более ретро: узкий топливный бак на 14,5 литра (вместо 21 л), укороченный подрамник (на 10 см), алюминиевые боковые крышки. Двигатель перенастроен: мощность снижена до 98 л.с. (71,9 кВт) при 8000 об/мин для соответствия нормам, крутящий момент - 108,4 Н·м при 6000 об/мин.
Параллельно выпускалась версия XJR1300C Racer - кафе-рейсер с карбоновым полуобтекателем, карбоновым коротким передним крылом, карбоновым накладкой пассажирского сиденья, клипонами (низкое расположение руля) и ретро-полосами. Версия создавалась под влиянием кастом-билда Eau Rouge от мастерской Deus Ex Machina.
2016 год стал последним для модели: ужесточение эконорм (Euro 4) и требования об обязательном оснащении ABS прекратили производство.