В 2007 году Yamaha провела глубокую модернизацию XJR1300. Главное новшество - замена четырёх карбюраторов Mikuni на электронный впрыск топлива (система Fuel Injection с 12-форсуночным инжектором). Впускной распредвал получил изменённые фазы для повышения наполнения цилиндров. Крутящий момент вырос на 10% - до 108 Н·м при 6000 об/мин.
Выхлопная система - новая 4-2-1 с клапаном EXUP для оптимизации противодавления. Каталитический нейтрализатор с лямбда-зондом обеспечил соответствие экологическим нормам. Сзади установлены амортизаторы Öhlins со специальными настройками (делюкс-версия). Передняя вилка получила новые настройки. Высота по седлу увеличена до 795 мм, дорожный просвет - до 125 мм. Сухая масса снижена до 222 кг, снаряжённая - 245 кг.
На японском рынке мощность составляла 100 л.с. (74 кВт), на европейском - 106 л.с. (78 кВт).