В 1999 году Yamaha XJR1300 начала продажи в Европе и Австралии. Экспортные версии отличались синими суппортами (от Yamaha YZF-R1) и форсировкой до 106 л.с. (78 кВт) при 8000 об/мин. Крутящий момент для европейских версий составлял 100 Н·м при 6000 об/мин. Японские версии оставались на 100 л.с. с чуть иными настройками.
В 2000 году модель претерпела более 200 мелких доработок, что снизило снаряжённую массу с 253 до 245 кг. С 2003 года выхлопная система была адаптирована под новые экологические нормы, а на экспортные версии устанавливались облегчённые колёсные диски от FZS1000. С 2004 года все модификации получили иммобилайзер с чип-ключом и единый спидометр с разметкой до 260 км/ч.