Yamaha XJR1300 дебютировала в 1998 году исключительно на внутреннем японском рынке, придя на смену XJR1200. Двигатель увеличил рабочий объём с 1188 до 1251 см³, получил кованые поршни и новое покрытие цилиндров для лучшего отвода тепла. Система питания - четыре карбюратора Mikuni BS36. Отличительная особенность - золотистые суппорты Brembo спереди.
Технические характеристики: мощность 100 л.с. (73,5 кВт) при 8000 об/мин, крутящий момент 98,1 Н·м при 6000 об/мин. Снаряжённая масса составляла 253 кг, высота по седлу 775 мм. Топливный бак объёмом 21 литр.