В 1998 году Yamaha существенно обновила XJ600S Diversion. Главные изменения коснулись ходовой части: диаметр передней вилки увеличился с 38 до 41 мм, а вместо одного переднего тормозного диска мотоцикл получил два плавающих диска диаметром 298 мм с двухпоршневыми суппортами. Это заметно улучшило управляемость и эффективность торможения.
Кроме того, модель получила немного изменённую центральную подставку, новую проводку с разъёмами, пластиковые защитные кожухи на ногах вилки, переключатель аварийной сигнализации на левой ручке и новое седло с улучшенной формой.
Двигатель остался прежним по характеристикам - 61 л.с. при 8500 об/мин и 53 Нм при 7500 об/мин. В Европе модель выпускалась до 2004 года включительно, в США - до 1998 года.