В феврале 2000 года Yamaha обновила RZ50 (модельный код RJ02J). Главное изменение - установка системы Air Induction и каталитического нейтрализатора Catalyst tube для соответствия японским нормам выбросов. Система пережигала несгоревшие углеводороды в выпускном тракте, подавая свежий воздух через каналы от воздушного фильтра. Каталитический нейтрализатор с платиновым, родиевым и палладиевым покрытием снижал HC и CO.
Из-за установки дополнительного оборудования крутящий момент снизился с 6,2 Н·м до 5,9 Н·м при 8000 об/мин. Мощность осталась прежней - 7,2 л.с. при 10 000 об/мин. Объём двигателя - 49 см³, степень сжатия 7,5:1.
С 2000 года модель получила новые цвета: Radical White и Deep Purplish Blue Metallic C с графикой в стиле 1970-х гоночных мотоциклов Yamaha. Цена составляла 269 000 иен (2000 год), 284 550 иен (2005 год). В 2005-2006 годах - новая цветовая гамма: Yamaha Racing Blue (с белыми блоками) и Yamaha Black. Модель выпускалась до 2006 года включительно, после чего производство было окончательно прекращено.