Четвёртое поколение Yamaha MT-09, представленное в конце 2023 года как модель 2024 года, получило эволюционные обновления дизайна и оснащения при сохранении платформы третьего поколения. Главное внешнее изменение - новая круглая LED-фара с двойными ходовыми огнями (возврат к более традиционному облику вместо горизонтальной LED-полосы).
Технические обновления: новый полноцветный TFT-дисплей 5 дюймов с улучшенной графикой и подключением к смартфону, круиз-контроль (теперь в базовой версии), радиальный главный тормозной цилиндр Brembo, обновлённый квикшифтер третьего поколения, два дополнительных кастомных режима (Custom 1 и Custom 2) к трём стандартным, система BSR (Back Slip Regulator) для контроля заднего колеса при резком сбросе газа.
Обновлённая версия SP (2024+) получила тормозные суппорты Brembo Stylema, четыре дополнительных трековых режима, интеллектуальный ключ (keyless), улучшенную подвеску KYB спереди и электронно-регулируемый амортизатор Öhlins сзади. С 2024 года также доступна версия Y-AMT с автоматизированной механической трансмиссией (переключение лепестками на руле или полностью автоматический режим).