В 2017 году Yamaha представила обновлённую версию FZ-09 (MT-09), которая получила кардинально новый дизайн и существенно доработанную техническую часть. Главные внешние изменения - двойные LED-фары с четырьмя светодиодами, новый подрамник, более плоское сиденье и перенесённый номерной знак.
Технические улучшения включали: полностью регулируемую 41 мм перевёрнутую вилку KYB (раздельная регулировка отбоя и сжатия), обновлённую прошивку ECU с улучшенной реакцией дросселя, 3-уровневый контроль тяги TCS (Level 1/2/Off), ABS в качестве стандартного оборудования, систему A&S (Assist & Slipper) проскальзывающего сцепления и квикшифтер QSS (только повышение передачи).
Двигатель остался прежним - 847 см³ CP3, но получил новые настройки для более плавной подачи мощности. Высота по седлу увеличилась с 815 до 820 мм, высота мотоцикла уменьшилась с 1135 до 1120 мм.