Первое поколение Yamaha FZ-09 было представлено в 2013 году и поступило в продажу осенью того же года как модель 2014 года. В Северной Америке байк продавался под именем FZ-09, в Европе - MT-09. Это был первый серийный трёхцилиндровый мотоцикл Yamaha с 1981 года.
Двигатель CP3 объёмом 847 см³ (диаметр цилиндра 78 мм, ход поршня 59,1 мм) выдавал 115 л.с. при 10000 об/мин и 87,5 Нм при 8500 об/мин. Степень сжатия 11,5:1. Система питания - электронный впрыск с YCC-T (Yamaha Chip Controlled Throttle). Система смазки - мокрая (wet sump), объём масла 3,4 л. Зажигание - цифровое TCI.
Модель первого поколения получила смешанные отзывы: мощный и лёгкий байк критиковали за резкую реакцию дросселя (особенно в режиме A) и мягкую подвеску. При снаряжённой массе 188 кг и короткой колёсной базе 1440 мм мотоцикл был очень манёвренным, но требовал привыкания к газу.