В 2021 году Yamaha представила полностью обновлённый MT-07 второго поколения. Мотоцикл получил новый агрессивный дизайн с узкой LED-оптикой, стилистически объединяющий модель со старшим MT-09. Была полностью переработана эргономика: новый руль (шире на 32 мм, тоньше в зоне захвата), изменённая посадка, обновлённое сиденье.
Двигатель CP2 объёмом 689 см³ был модернизирован для соответствия нормам Euro 5. Мощность незначительно снизилась - до 73,4 л.с. при 8750 об/мин, крутящий момент - 67 Нм при 6500 об/мин. Новая выпускная система 2-в-1, спроектированная с применением акустического анализа для улучшения звука. Все лампы заменены на LED.
Передние тормозные диски увеличены с 282 до 298 мм. Ширина мотоцикла выросла до 780 мм за счёт новых облицовок. Снаряжённая масса - 184 кг.