В 1999 году Yamaha провела модернизацию скутера GEAR для соответствия японским нормам выбросов Heisei 10 (1998). Двухтактный двигатель получил доработки, а задний барабанный тормоз был увеличен в диаметре для улучшения эффективности торможения. Модель продолжала выпускаться в нескольких вариантах исполнения.
В 1996 году (ещё до рестайлинга 1999 года) была представлена версия BA50N (News Gear) для доставки газет с усиленной грузовой платформой и BA50NH с подогревом рукояток руля. В 2005 году появилась стилизованная версия BA50C с трубчатым рулём, хромированными приборами, чёрными колёсами и вилкой, а также уменьшенным передним крылом.
Технические характеристики двигателя остались прежними: 49 см³, 5,0 л.с. при 6500 об/мин, 5,6 Н·м при 6000 об/мин. Снаряжённая масса составляла 94 кг (версия BA50C).