В 2006 году (код K6) модель получила новые варианты окраски. Главным событием стал выпуск лимитированной серии SV1000SZ, посвящённой 20-летию линейки GSX-R. Всего было выпущено около 1500 экземпляров.
SV1000SZ отличался полным обтекателем в цветах GSX-R (сине-белая схема), чёрной рамой, чёрными колёсами, улучшенной производительностью двигателя и более быстрым откликом дросселя. Мощность достигала 123-125 л.с.