В 2003 году Suzuki возродила модель RM60, представив полностью обновлённое второе поколение. Мотоцикл получил современный двухтактный одноцилиндровый двигатель с жидкостным охлаждением (диаметр цилиндра 44.0 мм, ход поршня 39.2 мм, степень сжатия 8.5:1) и инновационную систему AETC (Advanced Exhaust Timing Control), которая оптимизировала выпуск отработавших газов для улучшения тяги во всём диапазоне оборотов.
В отличие от первого поколения, новый RM60 оснащался 6-ступенчатой коробкой передач, что обеспечивало более широкий диапазон передаточных чисел. Подвеска была модернизирована: телескопическая передняя вилка и маятниковая задняя подвеска с прогрессивной характеристикой (link-type) обеспечивали улучшенную управляемость на трассе.
Мотоцикл сохранил барабанные тормоза спереди и сзади, что было обусловлено его ориентацией на юных райдеров. В 2005 году на смену RM60 пришла модель RM65 с увеличенным до 65 см³ рабочим объёмом двигателя.