Финальное поколение Suzuki RM250 выпускалось с 2006 по 2008 год. Двигатель получил серьёзные доработки: увеличен зазор между коленвалом и картером для изменения первичной степени сжатия, новые порты цилиндра, новый карбоновый лепестковый клапан, укороченный впускной патрубок и перенастроенная карта зажигания. Это дало улучшенную тягу на низких оборотах и более плавную характеристику мощности.
Рама была усилена в районе бензобака и нижнего крепления двигателя, головная труба сдвинута на 5 мм назад для улучшения стабильности. Маятник получил увеличенную высоту балки для большей жёсткости. Мотоцикл оснащался алюминиевым конусным рулём Renthal с демпфирующими вставками.
В 2006 году вышла лимитированная версия Ricky Carmichael Replica (RM250Z) с графикой команды Makita Suzuki, золотыми колёсами и чёрным седлом. В 2008 году производство модели было прекращено.