В 1988 году Suzuki GSX-R750 получила первое серьёзное обновление. Модель J получила новый короткоходный двигатель рабочим объёмом 748 см³ с диаметром цилиндра 73 мм и ходом поршня 44,7 мм, что позволило поднять максимальные обороты до 13500 об/мин.
Новые карбюраторы Mikuni BST36SS Slingshot с вакуумными заслонками улучшили отклик на газ. Вместо 18-дюймовых колёс стали устанавливаться 17-дюймовые трёхспицевые литые диски. Диаметр передней вилки увеличен до 43 мм. Мотоцикл стал тяжелее, но получил более жёсткую раму и большую мощность.
В 1989 году вышла ограниченная серия GSX-R750RK (500 экземпляров) с длинноходным двигателем (70x48,7 мм), 40-мм карбюраторами, выхлопом 4-в-1, алюминиевым баком на 19 л и одноместной компоновкой.