В 1993 году Suzuki провела вторую полную модернизацию GSX-R1100. Модель WP получила новый жидкостной двигатель объёмом 1074 см³ (75.5 x 60 мм) мощностью 155 л.с. при 10000 об/мин и крутящим моментом 115 Нм при 9000 об/мин. Несмотря на уменьшение рабочего объёма, мощность выросла на 10 л.с. благодаря эффективному жидкостному охлаждению.
Рама была полностью переработана - новая конструкция пятиугольного сечения с использованием кованых элементов обеспечила значительно большую жёсткость. Тормозная система усилена 6-поршневыми суппортами Nissin спереди и увеличенным до 240 мм диском сзади. Сухой вес вырос до 231 кг.
В 1995 году (модель WS) проведена важная модернизация: установлены 43-мм перевёрнутые вилки (вместо 41 мм), новый усиленный маятник с перемычкой, изменены распредвалы и система зажигания для улучшения тяги на средних оборотах. Вес снижен до 221 кг. Модели 1996-1998 годов отличались только цветами и графикой. Производство завершилось в 1998 году.