В 2001 году Suzuki DR650SE получила уменьшенный топливный бак объёмом 13 литров (вместо 17 л). Это было сделано для улучшения эргономики и снижения веса. В остальном конструкция мотоцикла осталась без изменений. В 2006 году была усилена 3-я передача коробки передач после сообщений о проблемах с ней на моделях 1999-2005 годов.
С 2004 по 2009 год менялась только графика и цветовые схемы. Модель выпускалась для рынков Северной Америки, Австралии и Новой Зеландии. В Европе продажи прекратились в 2006 году из-за несоответствия экологическим нормам Euro (карбюраторный двигатель).