В 1996 году Suzuki провела кардинальное обновление модели, выпустив DR650SE. Двигатель был полностью переработан: диаметр цилиндра увеличен до 100 мм, ход поршня уменьшен до 82 мм, рабочий объём вырос до 644 см³. Степень сжатия снижена до 9,5:1. Мощность уменьшилась до 43 л.с. при 6400 об/мин, но крутящий момент стал доступен на более низких оборотах - 54 Нм при 4600 об/мин. Двигатель стал работать значительно плавнее благодаря эффективному балансирному валу.
Мотоцикл получил новую стальную раму, нержавеющую выхлопную систему (решившую проблему коррозии), новые подвески с ходом 260 мм спереди и сзади. Сухая масса снизилась на 25 кг - до 147 кг. Высота по седлу составила 885 мм (с возможностью опускания до 845 мм за счёт регулировки подвески). Топливный бак - 17 литров.