С 2003 по 2007 год Kawasaki Zephyr 1100 выпускался в версии с пониженной мощностью. Из-за ужесточения экологических норм мощность двигателя была снижена до 86 л.с. при 7500 об/мин, крутящий момент - до 83 Н·м при 7000 об/мин. Объём топливного бака уменьшен с 19 до 18 литров. Снаряжённая масса составляла 265 кг.
В 2007 году, в честь завершения производства, Kawasaki выпустила юбилейную версию Zephyr 1100 в оригинальной ливрее, напоминавшей окраску первых моделей 1992 года. После этого производство модели было окончательно прекращено.