KX125L (1999-2002) получил новый карбюратор Keihin PWK36S. Колёсная база была уменьшена до 1430-1435 мм, высота по седлу - до 945 мм. Дорожный просвет - 390 мм. Сухой вес - 87 кг. Снаряжённая масса - 95 кг. Объём бака - 8,5 литра.
В 2001 году модель получила новую головку цилиндра с изменённой камерой сгорания, новый поршень, карбюратор Mikuni TMX 36 мм и облегчённый маховик. В 2002 году заводской KX125SR выиграл чемпионат мира по мотокроссу в классе 125 благодаря Микаэлю Маскио. Длина - 2130 мм, высота - 1210 мм.