Третье поколение Kawasaki KLX250 (заводской код KLX250-H) выпускалось с 1998 по 2007 год. В отличие от предыдущего поколения с несколькими модификациями, эта версия была универсальной и подходила для использования на дорогах общего пользования.
Мотоцикл получил более мощную фару, электростартер и небольшие визуальные изменения. Ёмкость топливного бака уменьшилась с 8 до 7,2 л. В 2001 году модель была обновлена под новые экологические нормы, а в 2004 году производство перенесли в Таиланд. Мощность двигателя составляла 29 л.с. при 9000 об/мин.