KDX200 E (1989-1994) - самое значительное обновление в истории модели. Двигатель получил жидкостное охлаждение (радиаторы с двух сторон), новый карбюратор Keihin PWK-35 и модернизированную систему KIPS с увеличенным расширительным бачком и клапанами. Установлен тяжёлый коленвал, усилены пружины сцепления и добавлены диски (7 стальных / 8 фрикционных). Степень сжатия - 7,7:1 на высоких оборотах / 9,2:1 на низких.
Рама полностью переработана на базе KX125 1987 года с современной нижней рычажной подвеской Uni-Trak. Задний дисковый тормоз (218 мм) пришёл на смену барабанному. Передние 43-мм вилки получили 20-ступенчатую регулировку сжатия, задний амортизатор на базе KX125 - 16 ступеней сжатия и 16 отбоя. Ход подвески увеличен до 290 мм спереди и 300 мм сзади.
Версии 1993-1994 годов (E5-E6) получили 41-мм перевёрнутые вилки (USD). Сухой вес вырос до 102 кг. Ёмкость бака уменьшена до 12,0 л. Появилось быстрое съёмное заднее колесо и вытяжная ручка передней оси. Электронная система зажигания обновлена до 12-вольтовой.