Kawasaki Estrella RS Custom (заводской индекс BJ250E) - редкая гибридная модификация, выпускавшаяся с 1996 по 1999 год. Модель сочетала двухместное сиденье от версии RS с барабанными тормозами от версии Custom. По сути, это была переходная модель, предлагавшая компромисс между практичностью и аутентичным ретро-стилем.
Цветовые решения RS Custom повторяли палитру версии RS. В 1999 году производство модели было прекращено.