Kawasaki Estrella Custom (заводской индекс BJ250D) была представлена в 1996 году как более аутентичная ретро-версия. В отличие от RS, модель Custom оснащалась барабанными тормозами спереди и сзади, что придавало ей ещё более классический вид. Сиденья были раздельными - седло водителя и пассажирская подушка.
Модель Custom также отличалась хромированными элементами и особыми цветовыми решениями. В 2002 году была выпущена лимитированная серия Custom Limited Edition (BJ250H) с белым перламутровым баком и коричнево-белым сиденьем. Производство версии Custom продолжалось до 2006 года.