В 1996 году Honda полностью переработала XR250R. Это было по сути новое поколение, не имевшее общих деталей с предыдущим. Двигатель получил сухой картер с увеличенным объёмом масла, облегчённый маховик и балансиры. Новые картеры интегрировали ось маятника, что повысило жёсткость шасси. Установлены уменьшенные выпускные клапаны для предотвращения растрескивания головки блока.
Задняя подвеска получила 44 мм амортизатор KYB с выносным резервуаром (piggyback). Появилась съёмная задняя подрама с откидной крышкой воздушного фильтра. Передняя вилка - 41 мм картриджная Kayaba с регулировкой сжатия на 20 позиций. Ход подвесок уменьшен до 270 мм, угол наклона рулевой колонки стал круче (24.8° vs 25-26°), а вылет - 92 мм вместо 100 мм.
Мощность заявлена 28 л.с. при 8000 об/мин. На экспортных рынках модель продавалась до 2004 года, в Японии - до 2007-го.