В 1986 году модель XR250R получила полностью обновлённый двигатель с радиальным расположением клапанов (RFVC). Изменена размерность цилиндра: диаметр уменьшен с 75 до 73 мм, ход увеличен с 56.5 до 59.5 мм. Вместо двух карбюраторов установлен один - это упростило запуск и обслуживание. Масляный радиатор появился только на версии R.
В 1990 году произошло важное обновление: задний барабанный тормоз уступил место дисковому, а вилка получила картриджные демпферы. Подвески сохраняли ход 280 мм спереди и сзади. Высота по седлу составляла 920 мм. Сухой вес - около 108 кг. Колёсная база - 1420 мм.
С 1991 года на рынке появилась дорожная версия XR250L, а с 1995 - японская XR250 Baja.