Honda XR250 Baja - это специальная версия для японского внутреннего рынка, представленная в 1995 году одновременно с выходом нового поколения XR250R. Главные отличия - двойная фара спереди и значительно увеличенный топливный бак объёмом 14 л (против 9.7 л у стандартной версии). Это делало Baja идеальным выбором для длительных внедорожных путешествий.
Модель оснащалась электростартером, что упрощало запуск двигателя. В отличие от чисто гоночной XR250R, Baja имела более комфортную эргономику и пассажирские подножки. Подвески были настроены на туристический, а не спортивный лад. Снаряжённая масса составляла 128-137 кг в зависимости от года выпуска.
Модификация выпускалась до 2003 года. Она получила множество поклонников благодаря своей универсальности и запасу хода.