В 2003 году Honda провела глубокую модернизацию CB1300, фактически создав全新的 мотоцикл с индексом SC54. Главные изменения: новый инжекторный двигатель SC54E с системой PGM-FI (без декоративных рёбер охлаждения), облегчённая рама, новый дизайн хвостовой части, 43-мм вилка вместо 45-мм, задняя подвеска без прогрессии Pro-Link, 4-поршневые тормозные суппорты, более узкие шины 120/70 и 180/55.
Снаряжённая масса снизилась с 273 до 254 кг. Мощность для европейского рынка составила 115 л.с. при 7500 об/мин, для японского - 100 л.с. при 7000 об/мин. Крутящий момент - 116,7 Н·м при 6000 об/мин.
В 2005 году появилась версия Super Bol D'Or (CB1300S) с полуобтекателем, прямоугольной фарой и ABS в качестве опции. В 2008 году модель адаптировали под нормы Euro 3, установив систему IACV. В 2010 году высота седла снижена до 780 мм, появилась версия Super Touring с боковыми кофрами.