Первое поколение Honda CB1300 Super Four (SC40) выпускалось с 1998 по 2002 год исключительно для японского рынка. Мотоцикл оснащался карбюраторным двигателем SC38E (4 карбюратора Keihin 36 мм) мощностью 100 л.с. при 7500 об/мин и крутящим моментом 119,6 Н·м при 5000 об/мин.
Отличительные особенности SC40: декоративные рёбра охлаждения на цилиндре (faux cooling fins), двойные глушители, 45-мм телескопическая вилка, уникальная задняя подвеска Double Pro-Link с двумя амортизаторами, 6-поршневые передние тормозные суппорты (до 2001 года), 3-спицевые колёса и широкие шины 130/70 спереди и 190/60 сзади.
В 2001 году мотоцикл получил 4-поршневые передние суппорты и систему впрыска вторичного воздуха для соответствия нормам выбросов. В 2002 году вышла ограниченная серия CB1300F2 для европейского рынка.