Третье поколение Yamaha Cygnus X было представлено в 2013 году. Главным внешним отличием стали светодиодные задние фонари. Скутер получил обновлённый дизайн передней части, новую приборную панель и улучшенную эргономику. Модельный код - SE44J.
Двигатель остался прежним - 124 см³, 4-тактный, одноцилиндровый, с инжекторной системой питания. Мощность составляла 11 л.с. при 8500 об/мин. Степень сжатия была снижена до 9.5:1. Снаряжённая масса - 122 кг.
Версия Cygnus X SR третьего поколения получила трёхступенчатые регулируемые задние амортизаторы и спортивные цвета окраски.