Первое поколение Yamaha Cygnus X было представлено в 2003 году. Скутер оснащался 4-тактным одноцилиндровым двигателем E343E объёмом 124.8 см³ с воздушным охлаждением и карбюраторной системой питания. Двигатель развивал мощность около 10.6-11 л.с. при 8500 об/мин и крутящий момент 9.3 Нм при 7500 об/мин.
Скутер имел стальную хребтовую раму, телескопическую переднюю вилку и два задних амортизатора. Передний тормоз - дисковый (216 мм), задний - барабанный (150 мм). Колёса 12 дюймов с шинами 110/70-12 спереди и 120/70-12 сзади. Объём топливного бака составлял 7.1 л.
В 2004 году вышла спортивная версия Cygnus X SR с трёхступенчатой регулируемой задней подвеской и особыми цветами окраски.