В 2007 году вышло второе поколение Yamaha Cygnus X, которое получило инжекторную систему питания вместо карбюратора. Это позволило снизить расход топлива и обеспечить соответствие экологическим нормам Euro 3. Двигатель развивал 11 л.с. при 8500 об/мин и крутящий момент 9.3 Нм при 7500 об/мин.
Снаряжённая масса увеличилась до 120 кг. Скутер получил обновлённый дизайн с более современной передней оптикой. В 2010 году была проведена небольшая модернизация: появились новые цвета, обновлённая приборная панель.
Версия Cygnus X SR также выпускалась в этот период, включая специальную серию WGP 50th Anniversary Edition (2011) в честь 50-летия участия Yamaha в Гран-при.