В 1988-1990 годах Suzuki LT250R выпускался с индексом J (1988), K (1989) и L (1990). Модель получила двигатель с изменёнными размерами цилиндра: диаметр 67 мм, ход поршня 70 мм, рабочий объём 246 см³. Степень сжатия была повышена до 8,0:1.
Впускной тракт изменился: вместо 5-болтового 8-лепесткового reed-клапана (как на 1987 годе) устанавливался 6-болтовой 6-лепестковый клапан. Система SAEC сохранилась. Механизм сцепления получил обновлённый рычаг выжима для более чёткого переключения передач.
Передние A-образные рычаги оснащались полиуретановыми втулками вместо резиновых для более точного управления и износостойкости. В 1989 году две круглые фары уступили место одной прямоугольной фаре, что улучшило освещение и придало квадроциклу более современный вид. Подножки получили улучшенный профиль для лучшего сцепления с обувью.
Задняя ось с 1989 года получила 26 шлицев вместо 24 (как на LT500R). Сухой вес оставался на уровне 147 кг.