Второе поколение Yamaha Zuma 50 с индексом YW50 дебютировало в 2002 году. Скутер получил полностью новый дизайн с характерными сдвоенными фарами, за что получил прозвище "Bug Eye" (глазастый). Двигатель - двухтактный Minarelli, но уже с горизонтальным расположением цилиндра, что позволило увеличить объём подседельного хранилища.
Производство было перенесено с французского завода MBK на тайваньский завод Yamaha. Модель выпускалась с 2002 по 2005 год, после чего была снята с производства в США на 2006-2007 годы из-за ужесточения экологических норм EPA для двухтактных двигателей. В 2008 году скутер вернулся с дополнительным экологическим оборудованием (катализатор, ограничение дросселя), что снизило мощность. Версии 2008-2011 годов имели более высокое передаточное отношение, что частично компенсировало потери.
Двигатель: 49 см³, двухтактный, воздушное охлаждение с вентилятором, карбюратор Teikei Y14P 14 мм, степень сжатия 7.0:1. Диаметр цилиндра 40 мм, ход поршня 39.2 мм. Максимальный крутящий момент - 5.1 ft-lb (6.9 Нм) при 6000 об/мин. Размеры: длина 1890 мм, ширина 705 мм, высота 1110 мм. Колёсная база 1275 мм. Высота по седлу 765 мм. Снаряжённая масса 94 кг.